IHF MOTIF

I have presented data the IHF-binding site (consensus: WWWTCAA[N4]TTR) below.  

A. Motif model 
(residue frequency x 100)

Pos. #

 a

 t

 c

 g

 Info

   1 |

 48

 29

 6

 15

 0.1

   2 |

 50

 29

 15

 5

 0.1

   3 |

 84

 15

 .

 .

 0.7

   4 |

 58

 36

 .

 5

 0.3

   5 |

 15

 72

 10

 1

 0.4

   6 |

 1

 13

 72

 12

 1.3

   7 |

 77

 10

 12

 .

 0.5

   8 |

 51

 29

 5

 13

 0.1

   9 |

 29

 34

 25

 10

 0.1

  10 |

 34

 34

 13

 17

 0.0

  11 |

 56

 3

 8

 31

 0.5

  12 |

 34

 6

 18

 39

 0.5

  13 |

 27

 70

 1

 .

 0.5

  14 |

 5

 93

 .

 1

 1.0

  15 |

 60

 15

 3

 20

 0.3

  16 |

 22

 44

 17

 15

 0.1


B. Motif probability model

Pos. #   

 a

 t

 c

 g

   1 |

  0.479

0.295

0.072

0.154

   2 |

  0.496

0.295

0.155

0.054

   3 |

  0.829

0.161

0.005

0.004

   4 |

  0.579

0.361

0.005

0.054

   5 |

  0.163

0.711

0.105

0.021

   6 |

  0.029

0.145

0.705

0.121

   7 |

0.763

0.111

0.122

0.004

   8 |

  0.513

0.295

0.055

0.138

   9 |

  0.296

0.345

0.255

0.104

  10 |

  0.346

0.345

0.138

0.171

  11 |

  0.563

0.045

0.088

0.304

  12 |

  0.346

0.078

0.188

0.388

  13 |

  0.279

0.695

0.022

0.004

  14 |

  0.063

0.911

0.005

0.021

  15 |

  0.596

0.161

0.038

0.204

  16 |

  0.229

0.445

0.172

0.154


C. Alternatively here is a simple count:  This can be determined from RSA-tools - consensus

Pos #

A

C

G

T

1

 23

 4

 12

 19

2

 30

 7

 3

 19

3

 37

 1

 2

 19

4

 35

 1

 3

 20

5

 11

 0

 1

 47

6

 3

 49

 4

 3

7

 55

 1

 1

 2

8

 41

 1

 8

 9

9

 14

 16

 9

 20

10

 25

 10

 11

 13

11

 28

 9

 13

 8

12

 15

 11

 26

 7

13

 5

 4

 1

 49

14

 5

 3

 0

 51

15

 37

3

17

2

16

15

13

10

21